Svensk patologiatlas kartlägger cancergener för snabbare forskningsframsteg
En svenskproducerad och världsunik patologiatlas som täcker in de vanligaste 17 cancerformerna, har lanserats online. Atlasen visar med data från 8000 patienter att personligt utformad cancerbehandling, s.k precisionsmedicin, tillsammans med Big Data, kan bli revolutionerande för hur medicinsk forskning utförs. Bakom atlasen står bl.a forskare vid svenska SciLifeLab, det nationella centret för molekylärbiovetenskap.
Global och gratis resurs för forskare
Human Protein Atlas (HPA) är en gratis kunskapsresurs som kan användas av forskare runt om hela i världen, även för maskininlärningstillämpningar för bildmönsterigenkänning. Atlasen innehåller analyser av alla humana gener i alla större cancerformer. Dessutom introduceras ett nytt koncept för att visa patientöverlevnadsdata, kallad Interactive Survival Scatter plots – atlasen innehåller mer än 400 000 sådana plots.
Enorma datamängder har analyserats
Ett nationellt superdatorcenter användes för att analysera mer än 2,5 petabytes (2,5 miljoner gigabytes) av allmänt tillgängliga data från cancergenomatlasen (TCGA), som finansieras av den amerikanska regeringen, för att generera mer än 900 000 “överlevnadskartor” som beskriver konsekvensen av RNA- och proteinhalter vid klinisk överlevnad. Patologiatlasen innehåller också 5 miljoner patologibaserade bilder som genereras av Human Protein Atlas consortium, d.v.s. svenska SciLifeLab.
Stora skillnader mellan olika tumörer kräver individuella behandlingar
Forskarnas analyser visar en stor heterogenitet mellan individuella tumörer, något som poängterar behovet av individuella behandlingsstrategier. Studien skiljer sig från tidigare dito genom att kartläggningen inte fokuserar på cancermutationer utan effekterna på alla protein-kodande gener.
Professor Mathias Uhlen, chef för Human Proteain Atlas-konsortiet och ledare för den patologiska Atlas-satsningen menar att denna studie skiljer sig från tidigare cancerundersökningar, eftersom den inte främst är inriktad på mutationerna i cancer utan de senare effekterna av sådana mutationer. Resultaten visar både hur “Big Data” kan förändra hur medicinsk forskning utförs och fördelarna med en öppen åtkomstpolicy inom vetenskapen, där forskare öppet delar data med varandra för att möjliggöra integration av stora mängder data från flera olika källor.
Om Human Protein Atlas
HPA är ett svenskbaserat forskningsprogram som startades 2003 med målet att kartlägga alla humana proteiner i celler, vävnader och organ genom att integrera olika omics-teknologier, inklusive antikroppsbaserad bildbehandling, masspektrometribaserad proteomik, transkriptomik och systembiologi. All data görs tillgänglig online genom open access, vilket innebär att såväl forskare inom akademin som industrin har fri tillgång till den.
Version 17, vilken lanserades den 17 augusti, består av tre separata delar, som var och en fokuserar på en särskild aspekt av analysen av de humana proteinerna. Tissue Atlas visar fördelningen av proteinerna i alla stora vävnader och organ i människokroppen. Cellatlasen visar subcellulär lokalisering av proteiner i enskilda celler, och slutligen den nya patologiska atlasen som visar effekten av proteinhalter för överlevnad hos patienter med cancer.
Atlasprogrammet och HPA-konsortiet har redan bidragit till flera tusen publikationer inom området för humanbiologi och sjukdomar och valdes i juli i år ut av organisationen ELIXIR som en europeisk kärnresurs på grund av dess grundläggande betydelse för ökad kunskap inom Life Science. HPA-konsortiet finansieras av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.
Läs mer på www.proteinatlas.org.
Läs artikeln i Science här.
[et_bloom_inline optin_id=”optin_4″]
